光刻掩膜版清洗一般使用掩膜版清洗液，是有專門的額清洗機器的。首先將掩膜版放入掩膜版清洗機一邊沖洗一邊旋轉，將污染顆粒沖洗干凈，之后在高速旋轉烘干。目前而言，掩膜版清洗機可以清洗的掩膜版尺寸包括3寸，4寸，5寸，6寸的掩膜版。